Uses of Interface
org.biojava.bio.program.homologene.OrthoPair

Packages that use OrthoPair
org.biojava.bio.program.homologene Support classes for Homologene data. 
 

Uses of OrthoPair in org.biojava.bio.program.homologene
 

Classes in org.biojava.bio.program.homologene that implement OrthoPair
 class SimpleOrthoPair
          A no-frills implementation of the OrthoPair interface
 

Methods in org.biojava.bio.program.homologene that return OrthoPair
 OrthoPair SimpleHomologeneDB.createOrthoPair(Orthologue first, Orthologue second, SimilarityType type, double percentIdentity)
           
 OrthoPair HomologeneDB.createOrthoPair(Orthologue first, Orthologue second, SimilarityType type, double percentIdentity)
          Create a computed orthology entry.
 OrthoPair SimpleHomologeneDB.createOrthoPair(Orthologue first, Orthologue second, java.lang.String ref)
           
 OrthoPair HomologeneDB.createOrthoPair(Orthologue first, Orthologue second, java.lang.String ref)
          Create a curated orthology entry.
 OrthoPair OrthoPairSet.Iterator.nextOrthoPair()
           
 OrthoPair SimpleOrthoPairSet.Iterator.nextOrthoPair()
           
 

Methods in org.biojava.bio.program.homologene with parameters of type OrthoPair
 boolean OrthoPairFilter.accept(OrthoPair pair)
           
 boolean OrthoPairFilter.AcceptAll.accept(OrthoPair pair)
           
 boolean OrthoPairFilter.Not.accept(OrthoPair pair)
           
 boolean OrthoPairFilter.Or.accept(OrthoPair pair)
           
 boolean OrthoPairFilter.And.accept(OrthoPair pair)
           
 boolean OrthoPairFilter.Xor.accept(OrthoPair pair)
           
 boolean OrthoPairFilter.ByMinIdentity.accept(OrthoPair pair)
           
 boolean OrthoPairFilter.ByMaxIdentity.accept(OrthoPair pair)
           
 boolean OrthoPairFilter.BySimilarityType.accept(OrthoPair pair)
           
 boolean OrthoPairFilter.ByRef.accept(OrthoPair pair)
           
 void OrthoPairSet.addOrthoPair(OrthoPair orthology)
          adds a specified OrthoPair relationship to this group.
 void SimpleOrthoPairSet.addOrthoPair(OrthoPair orthology)
           
 void OrthoPairSet.removeOrthoPair(OrthoPair orthology)
          removes a specified OrthoPair relationship from this group.
 void SimpleOrthoPairSet.removeOrthoPair(OrthoPair orthology)